Vaikka japaniin on lainattu kirjoitusmerkit kiinasta, japani ja kiina eivät ole sukulaiskieliä. Kielet poikkeavat toisistaan huomattavasti:
- kiina on isoloiva kieli, japani agglutinoiva
- kiinassa yksitavuiset tavut ovat vapaita morfeemeja, sanat ovat taipumattomia, usein yksitavuisia sanoja, joiden kieliopilliset suhteet ilmaistaan sanajärjestyksellä ja intonaatiolla
- agglutinoivissa kielissä, kuten suomessakin ja muissa uralilaisissa kielissä, sanavartaloihin lisätään liitteitä
- japanissa ei siis ole prepositioita, kuten to school, from school jne. vaan kieliopilliset muodot ilmaistaan postpositioin: gakkō e, gakkō kara jne.
- kielten rakenne on erilainen, esim. sanajärjestys
- kiinassa on moninkertainen määrä tavuja
- kiinassa on neljä sävelkorkeutta
Itse asiassa nykytiedon valossa japanilla ei ole sukulaiskieliä eikä se kuulu mihinkään kielikuntaan. Vuosien saatossa japanin sukulaiskieliksi on tarjottu niin koreaa kuin suomeakin sen kaukaisena sukukielenä. Useat tutkijat kun ovat pyrkineet osoittamaan, että japani kuuluu altailaisten kielten perheeseen eli on mm. turkkilaisten ja mongolilaisten kielten sukulainen, jotka taas olisivat uralilaisten kielten sukulaisia. Sittemmin hypoteesi on kumottu ja on pohdittu, voidaanko edes puhua altailaisesta kielikunnasta, koska näissä kielissä ei ole yhteistä perussanastoa.
Korean kanssa japanilla on paljon yhteistä, mutta nämä yhtäläisyydet ovat todennäköisesti seurausta normaaleista kielikontakteista vuosisatojen saatossa, kuten sanaston lainautuminen. Äänneopilliset erot (japanin suppea vokaalisto ja vokaaliin päättyvät avotavut) kuitenkin puoltavat sitä seikkaa, etteivät japani ja korea ole sukulaiskieliä.
On esitetty myös väitteitä, että japani olisi syntynyt kahden erilaisen kielen sekoituksesta, mutta yleensä kahden kielen kohdatessa toisesta kielestä tulee vahvempi ja vähitellen tukehduttaa heikomman kielen, joten tuskin japani on tällainen sekakieli.
Japanin kielen juurien tutkimisesta voi lukea tarkemmin esim. Ilmari Vesterisen kirjasta Japanilaiset sivuilta 40-43 ja Kai Niemisen tekstin kirjasta Japanin kulttuuri sivuilta 288-289.