Japanin ilmasto, kasvillisuus ja eläimistö vaihtelee suuresti, koska maa on pitkä pohjois-etelä-suunnassa (3800 km), pinnanmuodostus on vaihtelevaa ja Japaninmeri lännessä ja Tyynimeri idässä ovat luonteeltaan erilaisia. Pääilmansuunniksi Japanissa mielletään itä ja länsi.
Japani voidaan jakaa kuuteen ilmastovyöhykkeeseen. Pohjoisessa Hokkaidōssa on lauha ilmasto. Talvi on pitkä ja kylmä, lunta voi sataa runsaastikin. Eteläisimmillä Ryūkyū-saarilla ilmasto on subtrooppinen: talvet ovat lämpimiä ja kesät kuumia ja hienoja hiekkarantoja löytyy paljon. Sadekausina sataa runsaasti.
Kasvillisuuden perusteella Japani jaetaan viiteen vyöhykkeeseen; löytyy subtrooppista kasvillisuutta, ikivihreitä lehtipuumetsiä, alppikasveja ja tundramaista vuoristokasvillisuutta. Alueella esiintyy n. 4500 syntyperäistä kasvilajia; yhden lähteen mukaan puita ja pensaita on 1100 kotoperäistä lajia, putkilokasveja n. 10 000. Tuleeko mieleesi joitakin japanilaisia kasveja?
”Itä-Aasiassa bambu on onnen symboli. Tulessa bambun kappaleet halkeilevat paukahduksin, joiden uskotaan karkoittavan pahat demonit. Versova bambu puolestaan kuvastaa Japanissa ikuista nuoruutta ja rajua voimaa.” (http://www.joensuu.fi/botania/heili/bambut.html) Myös kirsikkapuu yhdistetään japanilaisuuteen. Luumu- ja kirsikkapuiden kukkiminen keväisin ovat merkittäviä tapahtumia japanilaisessa kulttuurissa. Muita Japanissa esiintyviä puita ovat esim. mänty, japaninpihta (vuoristoseuduilla), neidonhiuspuu, tuoksuoliivi, sypressi ja japaninsetri, sugi.
puu = ki
kukka = hana
hanami = (kirsikan)kukkien katseleminen; tärkeä kansanjuhla kaikille japanilaisille
sakura = kirsikkapuu
ume = luumu
umeboshi = luumupikkelssi, joka on hyvin suolaista ja hapanta. Suolattu ume kuivatetaan auringonpaisteessa. Umen valmistaminen umeboshiksi vie vähintään kuusi kuukautta.
Eläimistökin on runsas. Nisäkkäitä on 180 kotoperäistä lajia. Ohotanmerellä pohjoisessa voi nähdä hylkeitä jäälautoilla, kun taas Okinawan saaristossa etelässä saattaa törmätä myrkylliseen habu-kärmeeseen. Muista eläimistä mainittakoon karhu, villisika, supikoira, kettu, peura, metsäkauris, japaninmakaki, japaninjättisalamanteri, joka kasvaa 1,7 metrin pituiseksi, pitkäpyrstöinen kukko, jolla saattaa olla 5-6 metriä pitkä pyrstö ja iriomotenkissa, joka on säilynyt nykypäivään esihistoriallisista ajoista lähes muuttumattomana, ns. elävä fossiili.
Myös merilintuja Japanissa on runsaasti. Japani sijaitsee merkittävällä lintujen muuttoreitillä ja lintulajeja elää siellä n. 600. Japanin kurki, töyhtöiibis, lumiriekko, haikara, mesilintu ja kalapöllö ovat esimerkkejä japanilaisesta linnustosta.
Japanin kohdalla törmäävät kylmä ja lämmin merivirta, minkä ansiosta Japanilla on rikas merilajisto lukuisine kalalajeineen, valaineen ja delfiineineen. Merivirtojen kohtaamisalueilla ravinteet nousevat veden pintaan ja joutuvat kalojen ruoaksi. Japanin kalasaaliit ovatkin maailman suurimpia. Erilaisia kaloja on Japanin alueella peräti 1230 lajia.